Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
Col18a1P39061 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
Col18a1P39061 Tada2b-202ENSMUST00000119916 1321 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
Col18a1P39061 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.07■■■■□ 3.36
Col18a1P39061 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Col18a1P39061 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
Col18a1P39061 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
Col18a1P39061 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC36.02■■■■□ 3.36
Col18a1P39061 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
Col18a1P39061 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col18a1P39061 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
Col18a1P39061 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
Col18a1P39061 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
Col18a1P39061 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC35.92■■■■□ 3.34
Col18a1P39061 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC35.87■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.84■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Gm28592-201ENSMUST00000186844 741 ntTSL 5 BASIC35.83■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.83■■■■□ 3.33
Col18a1P39061 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
Col18a1P39061 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
Col18a1P39061 Tnfsfm13-202ENSMUST00000174159 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.75■■■■□ 3.31
Col18a1P39061 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC35.74■■■■□ 3.31
Col18a1P39061 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.73■■■■□ 3.31
Col18a1P39061 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
Col18a1P39061 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC35.73■■■■□ 3.31
Col18a1P39061 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
Col18a1P39061 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.69■■■■□ 3.3
Col18a1P39061 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC35.69■■■■□ 3.3
Col18a1P39061 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.69■■■■□ 3.3
Col18a1P39061 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
Col18a1P39061 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
Col18a1P39061 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC35.61■■■■□ 3.29
Col18a1P39061 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.61■■■■□ 3.29
Col18a1P39061 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
Col18a1P39061 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
Col18a1P39061 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
Col18a1P39061 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC35.51■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC35.51■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
Col18a1P39061 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
Col18a1P39061 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col18a1P39061 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC35.49■■■■□ 3.27
Col18a1P39061 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
Col18a1P39061 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Col18a1P39061 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.45■■■■□ 3.27
Col18a1P39061 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.44■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC35.44■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC35.44■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC35.43■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.43■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC35.41■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC35.4■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
Col18a1P39061 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC35.38■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC35.36■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC35.36■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Mapk3-202ENSMUST00000057669 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC35.34■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.33■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC35.33■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC35.33■■■■□ 3.25
Col18a1P39061 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC35.31■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.31■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC35.3■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.29■■■■□ 3.24
Col18a1P39061 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC35.26■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC35.25■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.25■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Prelid3b-201ENSMUST00000016401 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC35.21■■■■□ 3.23
Col18a1P39061 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.2■■■■□ 3.22
Col18a1P39061 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.18■■■■□ 3.22
Col18a1P39061 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
Col18a1P39061 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
Col18a1P39061 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.16■■■■□ 3.22
Col18a1P39061 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC35.16■■■■□ 3.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.1 ms