Protein–RNA interactions for Protein: P39061

Col18a1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,774 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col18a1P39061 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC56,02■■■■■ 6,56
Col18a1P39061 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC52,29■■■■■ 5,96
Col18a1P39061 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC51,14■■■■■ 5,78
Col18a1P39061 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC49,1■■■■■ 5,45
Col18a1P39061 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC48,21■■■■■ 5,31
Col18a1P39061 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC47,42■■■■■ 5,18
Col18a1P39061 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC47,24■■■■■ 5,15
Col18a1P39061 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC47,11■■■■■ 5,13
Col18a1P39061 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC47,09■■■■■ 5,13
Col18a1P39061 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46,95■■■■■ 5,11
Col18a1P39061 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC46,6■■■■■ 5,05
Col18a1P39061 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC45,94■■■■■ 4,94
Col18a1P39061 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,45■■■■■ 4,87
Col18a1P39061 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC45,43■■■■■ 4,86
Col18a1P39061 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC45,41■■■■■ 4,86
Col18a1P39061 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45,19■■■■■ 4,82
Col18a1P39061 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,94■■■■■ 4,78
Col18a1P39061 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,74■■■■■ 4,75
Col18a1P39061 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44,5■■■■■ 4,71
Col18a1P39061 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC44,48■■■■■ 4,71
Col18a1P39061 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC44,47■■■■■ 4,71
Col18a1P39061 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC44,47■■■■■ 4,71
Col18a1P39061 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,65■■■■■ 4,58
Col18a1P39061 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC43,62■■■■■ 4,57
Col18a1P39061 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC43,48■■■■■ 4,55
Col18a1P39061 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43,38■■■■■ 4,53
Col18a1P39061 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,33■■■■■ 4,53
Col18a1P39061 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43,27■■■■■ 4,52
Col18a1P39061 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43,01■■■■■ 4,48
Col18a1P39061 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC42,93■■■■■ 4,46
Col18a1P39061 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC42,84■■■■■ 4,45
Col18a1P39061 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,83■■■■■ 4,45
Col18a1P39061 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC42,81■■■■■ 4,44
Col18a1P39061 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC42,73■■■■■ 4,43
Col18a1P39061 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42,53■■■■■ 4,4
Col18a1P39061 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42,43■■■■■ 4,38
Col18a1P39061 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC42,42■■■■■ 4,38
Col18a1P39061 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC42,31■■■■■ 4,36
Col18a1P39061 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,3■■■■■ 4,36
Col18a1P39061 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC42,28■■■■■ 4,36
Col18a1P39061 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42,28■■■■■ 4,36
Col18a1P39061 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC42,24■■■■■ 4,35
Col18a1P39061 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,19■■■■■ 4,34
Col18a1P39061 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42,18■■■■■ 4,34
Col18a1P39061 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42,15■■■■■ 4,34
Col18a1P39061 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC42,11■■■■■ 4,33
Col18a1P39061 Mapk3-201ENSMUST00000050201 1267 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42,11■■■■■ 4,33
Col18a1P39061 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC42,11■■■■■ 4,33
Col18a1P39061 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC41,93■■■■■ 4,3
Col18a1P39061 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC41,81■■■■■ 4,28
Col18a1P39061 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC41,75■■■■■ 4,27
Col18a1P39061 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC41,73■■■■■ 4,27
Col18a1P39061 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,68■■■■■ 4,26
Col18a1P39061 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC41,61■■■■■ 4,25
Col18a1P39061 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC41,52■■■■■ 4,24
Col18a1P39061 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,51■■■■■ 4,24
Col18a1P39061 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC41,45■■■■■ 4,23
Col18a1P39061 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,28■■■■■ 4,2
Col18a1P39061 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,19■■■■■ 4,18
Col18a1P39061 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC41,15■■■■■ 4,18
Col18a1P39061 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC41,14■■■■■ 4,18
Col18a1P39061 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41,09■■■■■ 4,17
Col18a1P39061 Maz-202ENSMUST00000205461 796 ntTSL 5 BASIC41,04■■■■■ 4,16
Col18a1P39061 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41,02■■■■■ 4,16
Col18a1P39061 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC40,98■■■■■ 4,15
Col18a1P39061 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC40,89■■■■■ 4,14
Col18a1P39061 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40,86■■■■■ 4,13
Col18a1P39061 Mbd2-202ENSMUST00000114946 1290 ntTSL 1 (best) BASIC40,79■■■■■ 4,12
Col18a1P39061 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40,69■■■■■ 4,1
Col18a1P39061 Gm17082-201ENSMUST00000166043 1091 ntBASIC40,67■■■■■ 4,1
Col18a1P39061 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC40,66■■■■■ 4,1
Col18a1P39061 Enho-201ENSMUST00000127306 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,66■■■■■ 4,1
Col18a1P39061 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40,53■■■■■ 4,08
Col18a1P39061 Tmed7-203ENSMUST00000151189 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,48■■■■■ 4,07
Col18a1P39061 Gm24804-201ENSMUST00000174982 85 ntBASIC40,47■■■■■ 4,07
Col18a1P39061 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40,46■■■■■ 4,07
Col18a1P39061 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,45■■■■■ 4,07
Col18a1P39061 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40,27■■■■■ 4,04
Col18a1P39061 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC40,22■■■■■ 4,03
Col18a1P39061 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40,16■■■■■ 4,02
Col18a1P39061 Snf8-202ENSMUST00000107700 849 ntTSL 2 BASIC40,12■■■■■ 4,01
Col18a1P39061 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC40,02■■■■■ 4
Col18a1P39061 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40,01■■■■■ 4
Col18a1P39061 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC39,99■■■■□ 3,99
Col18a1P39061 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC39,99■■■■□ 3,99
Col18a1P39061 Clec2l-201ENSMUST00000114874 1428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39,99■■■■□ 3,99
Col18a1P39061 Ubtd2-201ENSMUST00000051053 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,97■■■■□ 3,99
Col18a1P39061 Nkx1-1-201ENSMUST00000173348 1209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39,94■■■■□ 3,98
Col18a1P39061 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC39,94■■■■□ 3,98
Col18a1P39061 Bzw1-202ENSMUST00000186949 1492 ntTSL 5 BASIC39,92■■■■□ 3,98
Col18a1P39061 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC39,92■■■■□ 3,98
Col18a1P39061 Il17d-201ENSMUST00000089494 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,92■■■■□ 3,98
Col18a1P39061 Sap30l-201ENSMUST00000020826 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,87■■■■□ 3,97
Col18a1P39061 Tcf15-201ENSMUST00000089112 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39,86■■■■□ 3,97
Col18a1P39061 Gm27322-201ENSMUST00000184007 104 ntBASIC39,84■■■■□ 3,97
Col18a1P39061 Gm8066-201ENSMUST00000197762 485 ntTSL 3 BASIC39,84■■■■□ 3,97
Col18a1P39061 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC39,81■■■■□ 3,96
Col18a1P39061 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39,81■■■■□ 3,96
Col18a1P39061 Hnrnpd-203ENSMUST00000112939 1670 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39,81■■■■□ 3,96
Col18a1P39061 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC39,74■■■■□ 3,95
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 10,5 ms