Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMD1Q9UGP4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMD1Q9UGP4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMD1Q9UGP4 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms