Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
ZNF541Q9H0D2 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
ZNF541Q9H0D2 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
ZNF541Q9H0D2 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
ZNF541Q9H0D2 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
ZNF541Q9H0D2 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
ZNF541Q9H0D2 RARRES1-204ENST00000479756 839 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
ZNF541Q9H0D2 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms