Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
CCDC54Q8NEL0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
CCDC54Q8NEL0 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms