Protein–RNA interactions for Protein: Q6A163

KRT39, Keratin, type I cytoskeletal 39, humanhuman

Predictions only

Length 491 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KRT39Q6A163 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
KRT39Q6A163 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
KRT39Q6A163 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
KRT39Q6A163 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms