Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
USP3Q9Y6I4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms