Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
LIMCH1Q9UPQ0 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
LIMCH1Q9UPQ0 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms