Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
VPS53Q5VIR6 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
VPS53Q5VIR6 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms