Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
COL4A3Q01955 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
COL4A3Q01955 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
COL4A3Q01955 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms