Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
COL4A4P53420 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
COL4A4P53420 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms