Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
LIMS1P48059 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
LIMS1P48059 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53 ms