Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
MSX1P28360 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
MSX1P28360 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
MSX1P28360 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
MSX1P28360 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC19.83■□□□□ 0.77
MSX1P28360 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
MSX1P28360 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
MSX1P28360 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
MSX1P28360 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms