Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG1P18858 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG1P18858 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
LIG1P18858 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
LIG1P18858 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
LIG1P18858 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIG1P18858 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIG1P18858 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIG1P18858 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.59
LIG1P18858 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
LIG1P18858 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
LIG1P18858 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
LIG1P18858 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
LIG1P18858 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms