Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC30.04■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC30.03■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC30.02■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.4
NPHP3Q7Z494 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC30.01■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.99■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC29.96■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.39
NPHP3Q7Z494 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.95■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC29.95■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC29.94■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
NPHP3Q7Z494 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.2 ms