Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SF3A1Q15459 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SF3A1Q15459 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
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