Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
BRCA1P38398 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
BRCA1P38398 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
BRCA1P38398 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms