Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC87Q9NVE4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
CCDC87Q9NVE4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms