Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9J4

USP42, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 42, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,324 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP42Q9H9J4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP42Q9H9J4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP42Q9H9J4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP42Q9H9J4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP42Q9H9J4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP42Q9H9J4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP42Q9H9J4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms