Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
NKX2-4Q9H2Z4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
NKX2-4Q9H2Z4 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
NKX2-4Q9H2Z4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms