Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
ZNF541Q9H0D2 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC26.61■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
ZNF541Q9H0D2 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC26.58■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
ZNF541Q9H0D2 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms