Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
CHMP4AQ9BY43 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CHMP4AQ9BY43 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC27.89■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms