Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
TRERF1Q96PN7 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TRERF1Q96PN7 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms