Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC42Q96M95 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
CCDC42Q96M95 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CCDC42Q96M95 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58 ms