Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
USP49Q70CQ1 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
USP49Q70CQ1 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP49Q70CQ1 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
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