Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.93
TCOF1Q13428 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC33.31■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC33.3■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC33.3■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC33.3■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC33.29■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.28■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.92
TCOF1Q13428 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC33.25■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC33.24■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC33.23■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
TCOF1Q13428 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
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