Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL7A1Q02388 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
COL7A1Q02388 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms