Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
COL4A4P53420 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 138.8 ms