Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SHMT2P34897 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SHMT2P34897 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.3 ms