Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CLDN3O15551 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CLDN3O15551 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLDN3O15551 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms