Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
VPS39Q96JC1 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
VPS39Q96JC1 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.6 ms