Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

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Length 867 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SP140Q13342 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SP140Q13342 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SP140Q13342 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SP140Q13342 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SP140Q13342 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SP140Q13342 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SP140Q13342 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SP140Q13342 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SP140Q13342 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SP140Q13342 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
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SP140Q13342 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
SP140Q13342 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
SP140Q13342 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SP140Q13342 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
SP140Q13342 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
SP140Q13342 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
SP140Q13342 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms