Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.47■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC19.46■□□□□ 0.71
SCN1BQ07699 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC19.45■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 DUSP7-202ENST00000495880 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC19.4■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
SCN1BQ07699 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms