Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIMS1P48059 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 155.1 ms