Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL6A1P12109 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL6A1P12109 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL6A1P12109 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms