Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.73■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.72■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC38.72■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC38.72■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC38.72■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC38.71■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.71■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC38.71■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC38.71■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC38.7■■■■□ 3.79
CCDC88BA6NC98 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC38.69■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC38.68■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC38.68■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.67■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC38.66■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC38.66■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC38.66■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC38.66■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.65■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.64■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.64■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC38.64■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC38.64■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC38.64■■■■□ 3.78
CCDC88BA6NC98 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC38.63■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC38.63■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC38.63■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.62■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC38.61■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC38.6■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC38.6■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.6■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC38.6■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.59■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.59■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC38.59■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.58■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC38.57■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.77
CCDC88BA6NC98 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.57■■■■□ 3.76
CCDC88BA6NC98 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC38.57■■■■□ 3.76
CCDC88BA6NC98 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC38.57■■■■□ 3.76
CCDC88BA6NC98 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC38.57■■■■□ 3.76
CCDC88BA6NC98 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.57■■■■□ 3.76
CCDC88BA6NC98 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.56■■■■□ 3.76
CCDC88BA6NC98 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC38.56■■■■□ 3.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms