Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP28Q96RU2 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP28Q96RU2 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms