Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC33.63■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.62■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC33.62■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC33.62■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.6■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.6■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC33.6■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC33.59■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC33.57■■■□□ 2.97
TCOF1Q13428 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC33.57■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC33.56■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.56■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC33.55■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC33.53■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.96
TCOF1Q13428 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC33.51■■■□□ 2.96
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