Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
LIMS1P48059 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
LIMS1P48059 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 184.1 ms