Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
MSH2P43246 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
MSH2P43246 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
MSH2P43246 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH2P43246 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH2P43246 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH2P43246 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH2P43246 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH2P43246 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH2P43246 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH2P43246 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH2P43246 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH2P43246 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH2P43246 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH2P43246 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
MSH2P43246 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
MSH2P43246 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.1 ms