Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL18A1P39060 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL18A1P39060 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL18A1P39060 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms