Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SMARCA1P28370 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCA1P28370 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SMARCA1P28370 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms