Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL5A3P25940 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC28.26■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL5A3P25940 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL5A3P25940 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms