Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.76■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC33.75■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC33.74■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC33.73■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC33.72■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.71■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
TCOF1Q13428 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC33.69■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.68■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.67■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC33.67■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.66■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
TCOF1Q13428 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
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