Protein–RNA interactions for Protein: P61968

LMO4, LIM domain transcription factor LMO4, humanhuman

Predictions only

Length 165 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMO4P61968 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
LMO4P61968 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
LMO4P61968 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
LMO4P61968 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
LMO4P61968 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LMO4P61968 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LMO4P61968 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms