Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HOXA1P49639 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
HOXA1P49639 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms