Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
CCDC28BQ9BUN5 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CCDC28BQ9BUN5 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms