Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
CCDC140Q96MF4 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC140Q96MF4 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms