Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
MSH2P43246 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
MSH2P43246 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
MSH2P43246 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
MSH2P43246 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
MSH2P43246 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms