Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC37.92■■■■□ 3.66
CUX1P39880 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.91■■■■□ 3.66
CUX1P39880 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC37.9■■■■□ 3.66
CUX1P39880 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CUX1P39880 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC37.9■■■■□ 3.66
CUX1P39880 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC37.9■■■■□ 3.66
CUX1P39880 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC37.9■■■■□ 3.66
CUX1P39880 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
CUX1P39880 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC37.89■■■■□ 3.66
CUX1P39880 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.89■■■■□ 3.66
CUX1P39880 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.66
CUX1P39880 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.66
CUX1P39880 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.66
CUX1P39880 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.66
CUX1P39880 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
CUX1P39880 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC37.87■■■■□ 3.65
CUX1P39880 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
CUX1P39880 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC37.86■■■■□ 3.65
CUX1P39880 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
CUX1P39880 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC37.86■■■■□ 3.65
CUX1P39880 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC37.85■■■■□ 3.65
CUX1P39880 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CUX1P39880 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CUX1P39880 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC37.85■■■■□ 3.65
CUX1P39880 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
CUX1P39880 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
CUX1P39880 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.83■■■■□ 3.65
CUX1P39880 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC37.83■■■■□ 3.65
CUX1P39880 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC37.83■■■■□ 3.65
CUX1P39880 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
CUX1P39880 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC37.82■■■■□ 3.65
CUX1P39880 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC37.82■■■■□ 3.65
CUX1P39880 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.65
CUX1P39880 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
CUX1P39880 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
CUX1P39880 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
CUX1P39880 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC37.82■■■■□ 3.64
CUX1P39880 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC37.82■■■■□ 3.64
CUX1P39880 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC37.81■■■■□ 3.64
CUX1P39880 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC37.81■■■■□ 3.64
CUX1P39880 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC37.81■■■■□ 3.64
CUX1P39880 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
CUX1P39880 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.8■■■■□ 3.64
CUX1P39880 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
CUX1P39880 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CUX1P39880 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CUX1P39880 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CUX1P39880 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CUX1P39880 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC37.78■■■■□ 3.64
CUX1P39880 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.78■■■■□ 3.64
CUX1P39880 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC37.78■■■■□ 3.64
CUX1P39880 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
CUX1P39880 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CUX1P39880 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC37.76■■■■□ 3.64
CUX1P39880 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.64
CUX1P39880 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.64
CUX1P39880 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.76■■■■□ 3.64
CUX1P39880 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.76■■■■□ 3.63
CUX1P39880 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.63
CUX1P39880 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC37.76■■■■□ 3.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms